En fait, il existe plusieurs formats possibles.
Le ReiserFS, par exemple, serait plus performant que le ext3 sur les disques contenant énormément de fichiers de petite taille, mais consommerait un peu plus de ressources.
Ceci dit, inutile d'entrer trop dans les détails, je pense (et de toutes façons, j'ai pas le niveau).
L'essentiel est de comprendre quels sont les différents systèmes de fichiers:
Ext3, ReiserFS et quelques autres sont utilisés nativement par les systèmes GNU/Linux. Ils sont
journalisés et permettent une gestion des droits d'accès.
(Ext2, c'est la version non-journalisée de l'Ext3.)
Swap, c'est le format d'échange destiné à complémenter la RAM, une partition en swap ne peut donc pas être utilisée de la même manière que les autres.
FAT32, c'est le vieux système de fichier de Windows. Il n'est pas journalisé et ne permet pas de gestion des droits, mais présente l'avantage de pouvoir être utilisé à peu près aussi correctement par GNU/Linux ou MacOS que par Windows. (Ce format impose une taille maximale de 4Gio pour tous les fichiers, donc certaines images DVD, par exemple, ne peuvent pas être stoqués dessus)
NTFS, c'est le nouveau système de fichiers de Windows (enfin, nouveau... arrivé après les versions 9X, quoi). Ne permet toujours pas la gestion des droits, et je ne crois pas qu'il soit journalisé, mais comme il est plus récent, son support n'a pas été intégré directement, et il faut installer un driver pour pouvoir écrire dessus depuis un système GNU/Linux.
(Et le système utilisé par MacOS est HFS+, permettant la gestion des droits et sur lequel la journalisation peut être activée ou non. Il faut installer un driver pour pouvoir s'en servir sous GNU/Linux également)
Les parties importantes du système, telles que / et /home, nécessitent un format journalisé, permettant la gestion des droits et compris nativement par GNU/Linux (puisque le driver n'est pas encore installé au moment où on les crée)
De toutes façons, si on tente d'utiliser un système de fichier qui ne correspond pas aux pré-requis, l'installeur va afficher un message d'erreur expliquant ce qu'il faut changer.