En principe
kdiff3 fonctionne sur Mac OS X. Il est évoqué sur
cette page. Il permet de comparer des fichiers individuels, ou des répertoires. Par contre, dans le cas de répertoires, il compare les fichiers qui portent le même nom, ce qui est probable dans ton cas. Pour des fichiers texte, tu peux voir le contenu et les différences. Dans les autres types de fichier, tu peux au moins savoir s'ils sont identiques ou non.
En cas de problème de compatibilité, tu as la possibilité de trouver des versions plus anciennes sur le site de téléchargement.
Autrement
ce site évoque d'autres outils, dont beaucoup de payants, mais plusieurs peuvent comparer autre chose que des fichiers texte.
A noter que pour ce genre de recherche, tu peux aussi utiliser des outils de synchronisation tels que
FreeFileSync. En demandant à synchroniser deux dossiers qui comportent peut-être des doublons, l'outil te montrera ce qui est identique dans les deux et ce qu'il faudrait transférer dans un sens ou dans l'autre pour le contenu soit identique. Cela te permet d'identifier les doublons, voire également d'en profiter pour constituer un dossier qui ferait la fusion de contenu, et en répétant le processus avec différents dossiers supposés être à peu-près identiques. Tu peux annuler la synchro lorsqu'il te dresse le bilan de qu'il faudrait faire pour synchroniser.